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Ok, dass ist der Fehler. Für ISPConfig muss die gesamte Datenbank Latin 1 sein. Ändere bitte mal den Charset für die ganze Datenbank und auch alle Tabellen und lass dann ein ISPConfig Update laufen.
Es geht dabei nicht um den Zeichensatz von Linux sondern um den Zeichensatz der MySQL Datenbabk. Stell bitt den Zeichensatz für die ISPConfig Datenbank und alle Tabellen mittels phpmyadmin auf latin1 um und dann führe ein ISPConfig Update aus.
Hast Du auch den Charset für die Datenbank selbst geändert und nicht nur den für die Tabellen? Sieh auch mal in der my.cnf datei nach, dass dort nicht UTF-8 als Default Charset steht.