Erstmal vorweg, wenn es nach mir ginge würde es den Menüpunkt "Subdomain als eigene Domain anlegen" nicht geben und ich habe ihn bislang auch aus den von mir genannten Gründen nicht verwendet. Daher ist er auch per default ausgeblendet, um die Nutzer nicht zu verwirren und da er aus Sicherheitsgründen nicht verwendet werden sollte. Es gibt diese Option nur auf Wunsch vieler User, wahrscheinlich weil es das in anderen Panels auch gibt und weil User oft ein Problem damit haben dass man für jede Website einen eigenen FTP User braucht. Die vhost subdomain zählt natürlich auch zum HD quota der Website, das mag einer der Gründe sein dass Hoster es verwenden damit sie ihren usern "unlimited" subdomains verkaufen können ohne dass sich der User entscheiden muss, wie er seinen Webspace aufteilt.
Die normale "Subdomain" oder "Aliasdomain" Funktion braucht man wie von Dir angemerkt nur für multidomain CMS Systeme oder aber wenn man eine Domain als .de, com, net, etc. hat und diese dann per 301 "SEO" redirect auf die Hauptdomain umbiegt.
