Erstmal vorgweg, ISPConfig 2 und 3 haben komplett unterscheidliche Systemvoraussetzungen. Auf einem System, auf dem ISPConfig 2 installiert war kann ISPConfig 3 nicht installiert werden und auf einem System, das für ISPConfig 3 konfiguriert war ist keine Installation von ISPConfig 2 mehr sinnvoll, da nur mit sehr detaillierten Linuxkenntnissen die Konfiguration der Systemdienste so weit geändert werden kann, dass die andere Version wieder läuft.
Ich würde Dir raten, das System neu aufzusetzen.
Generell lässt sich ISPConfig 2 ganz einfach deinstallieren:
/root/ispconfig/uninstall
Mit ISPConfig 3 ist es auch sehr einfach:
1) "crontab -e" aufrufen un den cron eintrag für ISPConfig löschen.
2) den Folgenden Befehl ausführen:
rm -rf /usr/local/ispconfig