Ich denke nicht, dass der Ort des Error Ordners ein Problem ist, er liegt ja innerhalb des Website Root und wenn PHP aktiviert ist, sollten auch PHP Seiten im Error Ordner funktionieren.
Das Hauptproblem ist, dass Du in ISPConfig die Pfade zu den einzenen Fehlerseiten im Vhost nicht ändern kannst, ohne den ISPConfig Quelltext zu ändern.