Generell sollte das gehen, ist aber nicht ganz einfach, da Du die Daten, Konfigurationsdateien und Datenbanken sichern musst, dann den Server einmal komplett formatieren und Debian installieren und dann die daten selektiv zurückspielen musst, da Du auf keinen Fall Debian Konfigurationsdateien 1 zu 1 mit Fedora Dateien überschreiben solltest.