Die einfachste Möglichkeit ist, lass sie einfach drin und schalte nur das Modul für den admin ab unter System > CP user.
Da es keinen uninstaller hat, müsstest Du anssonten mal in die .zip datei von dem Modul rein sehen, da werden ja im Grunde nur das was da unter interface liegt nach /usr/local/ispconfig/interface/ kopiert, das müsstest Du also löschen um es zu deinstallieren. Plus dann noch alle tabellen die mit invoice anfangen in der dbispconfig datenbank entfernen.