ISPConfig verwendet die normalen Linux Quota Befehlele zum setzen der Quotas, es sollte also mit allen dateisystemen funktionieren, die Quota unterstützen. Wenn das Dateisystem kein Quota unterstützt bzw. es nicht aktiv ist, dann geht der alles andere bis auf die Größenbeschränkung der Webseiten.
ich verwende DRBD mit ext4 (1 Produktionsmaschine + 1 stand-by) - allerdings keinen pacemaker - und bei mir funktionieren die Quotas ... naja fast ... aber ich denke das hängt eher mit dem quota selbst zusammen.