Hallo Carsten,
Du brauchst einfach nur das Verzeichnis mit dem Namen des Addon unter /home/admsipconfig/ispconfig/web/tools/tools/ löschen. Bei manchen addons (z.B. squirrelmail) gibt es zusätzlich noch ein Verzeichnis unter /home/admsipconfig/ispconfig/web/ mit dem namen des addon, das auch gelöscht werden muss.