FileZilla ist ja nur ein FTP-Programm, nutzt also das unverschlüsselte FTP Protokoll.
Was immer noch viele nicht wissen, SSH kann man nicht nur als Kommandozeile verwenden, sondern auch um Dateien zu übertragen. Das nennt sich dann SCP.
Tools wie WinSCP oder Webdrive die SCP beherrschen übertragen die Daten also nicht im Klartext wie FTP sondern über eine verschlüsselte SSH-Verbindung, sind dabei aber nicht unbedingt langsamer als FTP.
Also nicht wundern wenn du WinSCP ausprobierst, wenn du als Verbindungstyp SCP auswählst musst du deinen SSH-User mit zugehörigem Passwort angeben