ISPConfig 2 und 3 haben komplett andere Systemvoraussetzungen, das bedeutet dass ispconfig 3 nicht auf einem Server installiert werden kann, auf dem vorher ispconfig 2 drauf war. Wenn Du ISPConfig 3 einsetzen möchtest, wirst Du den Server formatieren müssen und dann anhand der Anleitungen, welche Du im ispconfig3.tar.gz findest, neu installieren müssen.
Es lassen sich auch keine Einstellungen oder ähnliches übernehmen, dafür wird es aber wohl später mal ein Tool geben.