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Ich denke nicht dass es da Distributionsspezifische Unterschiede gibt. Wenn Du die gleiche MySQL Version mit der gleichen Linux Kernel Version und identischen Einstellungen nimmst dann sollten sie auf jeder Distribution gleich schnell laufen. Die Unterschiede der Distributionen liegen mehr im Bereich Paketmanagement und Austattung sowie Hardware Treibern im Linux Kernel.
Es scheint ein kleines Problem bei wheezy zu geben. Im Vergleich zu squeeze ist die load unter wheezy höher. Gleiches gilt für i/o.
Dadurch kann durchaus der Eindruck entstehen, dass mysql unter opensuse schneller läuft. Nebenbei: unter wheezy passt der Vergleich, bei squeeze nicht.