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Starte mal ispconfig neu und wenn das nichts hilft dann schau nach ob es vhost dateien mit angehängtem datum gibt. das tritt dann auf wenn apache mit der neuen config nicht starten würde. Und checke auch mal ob die richtigen php open tags verwendet werden (<?php und nicht nur <?, denn die short tags sind in aktuellen php Versionen deaktiviert in der php.ini.