hatte ich letztes Jahr laufen. Der Betrieb bzw. die Migration haben keinerlei Probleme gemacht. Nur die Munin-MySQL-Plugins funktionierten nicht mehr.
Wenn du bei der gleichen Version bleibst (5.1 oder 5.5) dann einfach mysql stoppen, die percona Pakete installieren (es gibt ein Debian-Repo), ggf. die Konfigurationsdatei anpassen und percona starten.
Dann entweder MySQL deinstallieren oder aus den rc-levels rausnehmen