Ich hab bei mir auch seit geraumer Zeit das Problem, dass MySQL sich im laufenden Betrieb oft überhaupt nicht neu starten lässt. Ist dann genauso wie du es beschreibst.
Stoppen lässt er sich, aber nicht mehr starten. Muss dann immer den Server rebooten.
Läuft dein mysqld wenigstens bei einem kompletten Reboot wieder an?