Wenn Du Mbox Format verwendest und Dein Mail spool Verzeichnis eine separate Partition ist, dann kannst Du es separate einstellen. Bei Maildir geht das nicht, da die Maildirs Unterverzeichnisse des Webs sind.
Ich kann Dir aber nur davon abraten Mbox zu nehmen, das führt bei 500 MB Dateien schnell zu defekten Mailboxen.