Einfach die aktuelle Version runterladen und setup ausführen.
Zur Sicherheit kannst Du vorher noch ein Backup der Verzeichnisse /root/ispconfig, /home/admispconfig und der ISPConfig MySQL Datenbank machen. Weiterhin ist es sinnvoll, alles im Verzeichnis /home/admispconfig/ispconfig/temp/ zu lüschen, außer den Unterverzeichnissen webmail und squirrelmail (falls vorhanden).