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Mit den Änderungen hast Du ISPConfig das Ausführen von Systembefehlen untersagt, dann kann es die Konfiguration ja nicht mehr schreiben. Das Gantze musst Du asu der php.ini die für php-cli zuständig ist wieder rausnehmen. Solch eine Beschränkung macht da ja auch keinen Sinn, denn wer das ausführen kann ist ja bereits auf der Shell.