apt-get update aktualisiert nur die Paketdatenbank, es ist also kein "update" von installierter software. Ein Update der installierten Pakete wird mit "apt-get upgrade" ausgeführt. Ein Distributionsupgrade (was Du wahrscheinlich mit upgrade meinst) wird mit "apt-get dist-upgrade" durchgeführt, dazu muss mann aber vorher in der sources.list Datei die Paketserver der Version eintragen auf die aktualisiert werden soll.
Wahrscheinlich nutzt Du eine alte Debian Version für die es keine Updates mehr gibt, denn dann erhält man Fehlermeldunegn über nicht gefundene Dateien. da gibt es 2 Möglichkeiten:
a) in der sources.list die Archivserver eintragen, also z.B. statt
http://de.debian.org nimmt man
Index of /. Dann erhältst Du keine Fehler mehr, aber eben auch keine Updates denn es gibt keine neuen Updates mehr für Debian Versionen die bereits archiviert wurden.
b) Du machst ein dist upgrade. Da ist aber wahrscheinlich die mysql neiúinstallation dran, aber das ist ja nicht weiter schlimm denn es gehen ja keine Daten verloren, das paket wird halt einfach nur beim aktualisieren vergessen und man installierte s dann mit apt, das ist alles.
