Grundsätzlich geht das mit rsync. Wenn Du aber von Courier zu Dovecot wechselst, musst Du die Verzeichnisse und ISPConfig anpassen.
Warum willst Du auf etwas verzichten? Beide systeme benutzen dovecot, das passt also, kopiere einfach den kompletten /var/vmail Ordner rüber.
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