Hallo,
das sollte gehen (sollte, weil dieser Modus von mir nur mit ISPConfig3 als Quelle getestet wurde, es sollte aber keinen Unterschied machen).
Bitte dazu auf die aktuellste Patch-Version warten, da hier noch ein Fehler in diesem Zusammenhang korrigiert wurde.
Der Befehl wäre dann zum Beispiel:
./migrate --only-web=domain1.de --only-web=domain2.de --only-database=mydb1 --only-database=mydb4
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