Wenn PHP als cgi anstatt fcgi ok ist, könntest Du mal einn Versuch mit mod_suphp starten. Denn suphp kann so konfiguriert werden, dass es sich seinen User anhand des Eigentümers der PHP Datei selbst sucht. Also wenn eine Datei nobody gehört, wird sie auch als nobody ausgeführt (root und andere User unter einer bestimmten min. UID sind davon aus Sicherheitsgründen ausgeschlossen).
Ich habe mir damals als ich angefangen habe ISPConfig 3 von Grund auf neu zu entwickeln auch mal mod_vhost_dbd angesehen da wir bei ispconfig auch möglichst viel der Konfiguration über die mysql DB laufen lassen, aber es hatte für meinen Geschmack einfach zu viele Einschränkungen bei der Konfiguration eines vhost. Es kann also sein dass Du bei einem komplexeren setup nicht umd die Verwendung eines traditionellen vhost pro Website drum herum kommst, ich hatte zumindest damals keine andere Lösung gefunden.