Das ist zum Glück noch eine sehr einfache Konstellation, die man auch gut manuell zusammenführen kann.
Wenn ich das richtig in der Weboberfläche sehe, ist es nur für Webseite vorgesehen, dass diese auf unterschiedlichen Servern gehostet werden können.
Das stimmt so nicht, generell können Websites, Datenbanken, Email und DNS auf unterschiedlichen servern gehostet werden, Du kannst allso durchaus dutzende web, mail und Datenbankserver haben. Ob Du ein Auswahlfeld angezeigt bekommst hängt halt davon ab wie viele Server Du hast, die einen bestimmten Dienst bereitstellen können.
Daher würde ich in erster Überlegung denken, dass ich "lediglich" auf dem Master die E-Mail und DNS Dienste über das ispconfig Installationsskript aktivieren muss, dann Konfigurieren und die E-Maildaten umziehen.
generell ja, wobei Du die Dienste manuell nachinstallieren musst nach perfect server Anleitung, dann ein ispconfig update mit reconfigure services = yes durchführen und beim update wählen dass die unkonfigurierten Dienste konfiguriert werden.
Für mail musst Du danach /var/vmail unter Beibehaltung aller Rechte und datei Eigentümer vom mail server auf den master kopieren (z.B. mit rsync oder scp).
Danach musst Du durch die ganze dbispconfig datenbank gehen (z.B. mit phpmyadmin) und bei allen tabellen die eine Spalte 'server_id' haben die ID auf 1 setzen, betrifft in Deinem fall die Tabellen für email und dns. danach führst Du Einstellungen > Resync für alle dns und email Funktionen aus.
Was würde ich denn in Mysql noch machen müssen - bis auf die Replikationseinträge entfernen?
Replikationseinträge dürfte es da nicht geben, da Du kein Mirror setup hast soweit ich das sehe. was Du aber löschen musst sind die Einträge für den mail und dns server in der Tabelle 'server' in der dbispconfig datenbank.